Первое письменное упоминание о Пицунде датируется II веком до н. э. В I веке город захватили римляне, изгнав оттуда войска понтийского царя Митридата. Однако римляне никогда не чувствовали себя там спокойно, подвергаясь непрестанным нападениям местных племен. Также известно, что Питиунт (от “Питиус” – сосна) в середине III века был для римлян ссыльным местом, куда отправляли и христиан.
В 256 году город подвергся нападению готов, в результате чего большая часть римского гарнизона была уничтожена.
В период раннего средневековья Пицунда становится центром распространения христианства на Кавказе. Находки, обнаруженные в Пицундском городище (геммы с раннехристианскими символами, металлический крест и др.) говорят о том, что здесь в конце III и в начале IV веков уже существовала хорошо налаженная церковная организация. В то время нигде в Западном Закавказье не было такой сильной христианской организации как в Абхазии, а вернее в Питиунте. Там, уже постоянно можно было слушать проповеди и наблюдать службы. Во время богослужения около чтеца, как и везде в те времена, стоял переводчик, т.к. для распространения веры церковь должна была пользоваться языком понятным для народа, хотя большинство знало и греческий язык. В 325 году, в городе Нике (в Малой Азии) состоялся первый вселенский собор, в котором принял участие и пицундский епископ Стратофил (по-гречески “любящий войско”). Это говорит о том, что пицундская эпископия довольно давно сложилась и имела свой храм, развалины которого сохранились до наших дней, но под ними идут и другие развалины, видимо еще более раннего храма III в. н.э. Возможно, этот древнейших храм был посвящен святой Софии, так как на черноморских картах того времени: Безымянного 1351 г., Каталанской 1375 г., Бианко 1436 г. и др., мыс носит имя святой Софии.
В X–XIII веках Пицунда продолжала оставаться крупным религиозным центром. В конце X века здесь был воздвигнут один из лучших памятников средневекового местного зодчества – Пицундский храм. Одновременно с церковным идет и гражданское строительство. Так, знаменитый пицундский водопровод был сооружен в это время.
В XIV–XV веках генуэзские купцы основали здесь факторию Пецондо, а восточнее в с. Лдзаа факторию Санта-София. Это название сохранилось за местностью вплоть до XVI в.
Турецкое завоевание, XVI–XVIII вв. принесло в Пицунду разрушение. Были разобраны и вывезены в Гелатский монастырь (Грузия) реликвии Пицундской епархии, в частности, икона Пицундской Богоматери. И хотя это место, по-прежнему считалось священным и каждый каталикос хоть раз в жизни должен был отслужить здесь молебен, город постепенно терял влияние и пустел.
В 1830 году в Пицунду вступили русские войска. Были укреплены бастионы, а в 1845 и 1869 годах проведены работы по “ремонтно-реставрационным работам” в Пицундском храме. В результате храм потерял северный, западный и южный притворы, а также значительную часть росписи, однако главные линии и характер конструкции храма остались прежними.
Следующий значительный этап в истории города связан с идеей генсека КПСС Никиты Хрущева сделать из Пицунды курорт мирового класса. В начале 60-х годов на мысе были проведены масштабные ирригационные, коммуникационные и строительные работы, в результате которых появился пансиоант на 3000 мест и поселок городского типа для обслуживания инфраструктуры курорта союзного значения. Отличные пляжи, уникальная роща реликтовой сосны, микроклимат сделали Пицунду местом паломничества не только советских граждан, но и туристов со всего соцлагеря. Нередкими гостями здесь были и лидеры других стран, в частности, Президент Франции того времени Жорж Помпиду.
В период грузино-абхазской войны Пицунда не попала в поле активных боевых действий и избежала серьезных разрушений. В 1993 году поселку-курорту был присвоен статус города.
